漢方医の基礎的理論は人体の生命活動及び病気変化などの規律をまとめた理論で、それは主に、陰陽、五行、精神の集中力、内臓の様子、経絡などの学説を含み、また、病気の原因、診断法、弁証、予防、療養などの内容を含んでいる。

陰陽は中国古代哲学の範畴に入っている概念である。人間は矛盾という現象を通じて、矛盾という現象から陰陽の概念を作ってきた。また、陰陽二極の消長関係を利用して物事の運動と変化を解釈している。漢方は陰陽の対立と統一の観点を利用して人体の上下、内外などの各器官、そして人体と自然及び社会などの外来の要素との複雑な関係を説明している。陰陽の対立と統一の相対的バランスは、人体の正常活動を維持し保証する基礎であり、陰陽の対立と統一の関係が失調或いはアンバランスしたら、人体の疾病発生をもたらし、生命の正常の活動を影響とされている。

運気説とは、五運六気とも呼ばれ、自然界の天文、気象と気候の変化が人体に健康と疾病をもたらすことを研究する学説である。五運には、木運、火運、土運、金運と水運があり、自然界の1年にある春、夏、長い夏、秋、冬という気候の循環を指す。六気とは1年中の風、寒、暑、湿、燥と火という６つの気候要素である。運気説は天文と暦法の補助変数に基づき年次気候の変化と疾病発生の規則を推測するものである。